5ος και 6ος αι μ.Χ.- απαρχή της σημερινής πόλης των Ιωαννίνων
Από τις πρώτες εκκλησίες, που κτίστηκαν αφιερωμένες στη νέα θρησκεία, ήταν η βασιλική της Δωδώνης, η οποία κτίστηκε μέσα στο αρχαίο Ιερό και δέχθηκε ριζικές επισκευές, ιδιαίτερα κατά τον 6ο αι μ.Χ. Δεν υπάρχουν ιστορικές πληροφορίες για την ευρύτερη περιοχή των Ιωαννίνων την εποχή αυτή, γεγονός που δυσκολεύουν ακόμη περισσότερο οι λιγοστές αρχαιολογικές έρευνες. Πάντως ένα τμήμα της περιοχής θα πρέπει να υπέστη τις καταστρεπτικές συνέπειες των βαρβαρικών επιδρομών, που ως γνωστό ταλαιπώρησαν την Ήπειρο καθώς και την υπόλοιπη Ελλάδα. Ο ιστορικός Προκόπιος μας πληροφορεί ότι οι Γότθοι λεηλάτησαν την περιοχή γύρω από τη Δωδώνη. Τη μακρινή αυτή εποχή θα πρέπει να αναζητήσει κανείς την απαρχή της σημερινής πόλης των Ιωαννίνων, που τους επόμενους αιώνες θα γνωρίσουν σημαντική ανάπτυξη και θα αποτελέσουν καθ’ όλη τη διάρκεια της βυζαντινής εποχής μια από τις πιο αξιόλογες πόλεις της Ηπείρου.